Péquignet est indissociable de l’héritage, légué par son fondateur, Émile Péquignet, enfant du pays horloger franc-comtois. Implantée à Morteau, dans le bassin jurassien, la Maison Péquignet perpétue depuis 1973, le savoir-faire horloger français. Autodidacte, précurseur et novateur, Émile Péquignet est l’un des premiers à proposer un nouveau style horloger. Les collections, qu’il dessine et conçoit lui-même, rencontrent un succès immédiat. En 1984, il crée la montre Moorea qui devient rapidement le modèle emblématique de la Maison. Pendant trois décennies, il propose un catalogue en constant renouvellement, fait de style et d’innovation.
À la fin des années 1990, les montres Pequignet sont vendues dans le monde entier. Symbole d’une horlogerie française désirable, la marque devient incontournable dans l’univers du cheval, la grande passion de son fondateur. Les montres hommes et femmes sont complétées par des lignes de bijoux.

En 2004, Emile Péquignet laisse les rênes à Didier Leibundgut qui souhaite redonner ses lettres de noblesse à la haute horlogerie française. La Maison se donne alors le défi de concevoir et fabriquer ses propres mouvements. Pour se faire, elle se dote de technologies de dernière génération et recrute des ingénieurs horlogers de grands talents. En 2011, après quatre années de développements, Pequignet s’illustre en présentant une nouvelle collection de montres équipées du Calibre Royal®, son mouvement maison. Ce premier mouvement de haute précision made in France est entièrement conçu, prototypé, assemblé et contrôlé en interne. Une première mondiale puisque le mouvement intègre toutes ses complications horlogères dans sa platine initiale. Sa création aura nécessité 279 plans industriels et 150 outillages aboutissant au dépôt de 8 brevets internationaux. Ravissement du regard, performance et précision, en font un mouvement salué par la critique. Il sera suivi en 2018 de sa version simplifiée, le Calibre Royal® Manuel. Le savoir-faire et l’excellence de la Maison Pequignet lui permettront également d’être invitée, en 2021, à la Grande Exposition du Fabriqué en France à l’Élysée. Elle y dévoilera son troisième mouvement manufacturé de fabrication française, le Calibre Initial®. Disposant de deux brevets internationaux, dont l’un pour son système de saut de date semi-instantané, ce nouveau mouvement est constitué à 72 % de composants d’origine française produits dans un rayon de 80 km autour de Morteau.
En 2021, Pequignet rejoint Enowe Excellence, structure fondée par Hugues Souparis, ancien industriel et entrepreneur souhaitant soutenir les savoir-faire d’excellence française. Il prend la tête de la Manufacture et insuffle un nouvel élan. En 2023, à l’occasion de ses 50 ans, Pequignet lance le modèle anniversaire Concorde, qui réunit tous les codes forts de la Maison (acier, maille signature et calibre français). La Manufacture participe pour la première fois au Watches and Wonders de Genève et ouvre sa première boutique à Paris Rue de Rennes.